In termini di qualità le differenze non sono sostanziali e si caratterizzano, a mio parere, dalle classiche peculiarità di Canon e Nikon. Canon punta più sulla prestazione pura, mentre Nikon sull'ergonomia e la facilità d'uso. In termini puramente fotografici Nikon ha tendenzialmente una miglior resa sull'incarnato mentre Canon permette, con più semplicità, generi fotografici "veloci" grazie ad un sistema AF più performante e una miglior resa ad alte sensibilità ISO (dovuta al grande investimento fatto sui sensori CMOS di fascia alta).
Come ti hanno già accennato, però, la D60 non è dotata di motorino autofocus sul corpo macchina e questo ti obbligherà, in futuro, a comprare esclusivamente obiettivi motorizzati (tendenzialmente più costosi). In caso contrario potrai usarla solo in manual focus e ti assicuro che lavorare con i piccoli mirini delle APS-C in manual focus è decisamente poco divertente.
Però tu stai confrontando la D60 completa di due obiettivi che ti coprono tutte le focali maggiormente utilizzate ed entrambi sono stabilizzati, mentre su Canon hai solo il plasticotto (non stabilizzato) che viene dato in dotazione. Proviamo a fare una botta di conti per portare la 400d alla stessa configurazione della D60.
400d + plasticotto = 400 euro + 55-250 IS (260 euro ca.) = 660 euro.
A questo punto però dovresti aggiungere anche il 18-55 IS stabilizzato per avere esattamente la stessa configurazione della D60 (a parte i 50mm tele in più su Canon), solo che probabilmente sarai comunque obbligato a comprarti la macchina + plasticotto visto che è difficile trovarne solo corpo (anche se potresti cercarle). Il costo del 18-55 IS (che è l'obiettivo kit delle 1000d e delle 450d) è di circa 150 euro.
Umh...io, se volessi comprare Canon, proverei non con la 400d ma con la 1000d + 18-55 is + 55-250 is che dovrebbe costare, finita sui 700-730 euro.
Comunque, a parte tutta la teoria, la cosa più semplice che tu possa fare è prendere in mano entrambe le macchine e vedere quella "che ti cade meglio" ... che tu scelga Nikon o Canon avrai tra le mani un ottimo prodotto!